5-летний Сосукэ живёт со своей мамой в доме на утёсе. В один прекрасный день он обнаруживает на берегу золотую рыбку в стеклянной банке. Мальчик даёт ей имя Поньо. Но она не простая рыбка, а дочь могущественного волшебника и морской богини